Presidente della Regione Liguria
Il 1 aprile del 2015 Giovanni Toti viene candidato alla presidenza della Regione Liguria e il 31 maggio vince le elezioni regionali battendo Raffaela Paita del Partito Democratica. L'11 giugno arriva la sua proclamazione ufficiale da presidente della regione ma nello stesso giorno fu costretto anche a dimettersi come europarlamentareper incompatibilità con il suo nuovo ruolo. Il 30 luglio dello stesso anno diventa vicepresidente della Conferenza delle regioni e delle province autonome, presieduta da Stefano Bonaccini, presidente dell'Emilia-Romagna. Nell'agosto del 2018, da presidente regionale ligure, si ritrova ad affrontare la crisi conseguente al disastroso crollo del viadotto Polcevera di Genova, nel quale hanno perso la vita 43 persone; a seguito di tale evento ottiene dal governo nazionale la dichiarazione di stato d'emergenza per la città. Il 20 agosto 2018 è stato nominato commissario delegato all'emergenza per il crollo del ponte Morandi.